Ene Salumäe est diplômée de l'Académie estonienne de musique et de l'Académie Sibelius. Elle a joué comme soliste et chambriste avec divers ensembles, en Estonie et à l'étranger. Elle est active dans de nombreuses congrégations chorales estoniennes ou finlandaises. Elle a enseigné à l'Académie culturelle de Viljandi et donné des conférences sur des sujets liés à la musique d'église à l'Institut théologique de l'Église évangélique luthérienne d’Estonie. Depuis 1996, elle est organiste à la cathédrale de Tallinn.